http://www.tasharen.com/forum/index.php?topic=1763.0

（画像はリンク先より）

１．NGUIフォルダの外側にpluginというフォルダを作る

２．pluginフォルダの内側にNGUIというフォルダを作る

３．２で作ったフォルダに画像内の赤で示したフォルダを移動させる

これだけで動くようになる

なぜこれで動くようになるのか？だけど、unityのコンパイルの順番に由来する。

pluginフォルダ内は他よりも先に読み込まれるので、javascriptで記述したファイルから

C#で記述したNGUIを使えるようになるという原理